公司领导恶意扣工时存在法律风险，以下为具体说明：
1. 经济损失风险：恶意扣工时会直接导致工资减少。例如，你每月应工作176小时，领导无理由扣减20小时，按20元时薪计算，当月就少得400元，这是直接经济损失。
2. 证据链风险：维权时若无法提供充分证据（如工时记录、工资条等），可能失败。比如仅有口头陈述，无书面或电子证据，劳动仲裁或法院可能因证据不足不支持诉求，无法追回被扣工资。
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关于公司领导恶意扣工时是否违法，可依据法律规定明确其性质。
主要依据《中华人民共和国劳动法》（2018年修正版）第五十条判断：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”恶意扣工时直接关系工资数额，本质是克扣工资，“恶意”表明无正当理由（如员工违纪等），仅因个人动机。因此，领导无合法依据、因个人恶意扣减工时致工资减少，即违反该法条，属违法行为。
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处理公司领导恶意扣工时问题，需避免以下错误操作影响维权：
1. 采取过激行为：如旷工、罢工、与领导冲突等，不仅无法解决问题，还可能因违纪被公司处罚，陷入不利。
2. 忽视证据收集：部分员工认为事实明显，未及时保存工时记录、沟通记录等证据，维权时因无证据无法证明领导恶意扣工，导致失败。
3. 超过维权时效：劳动争议仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害起算。若未在时效内维权，可能因超期失去胜诉权。
不确定操作是否正确或想了解更有效方式？可以咨询我，我会为你提供解答。
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处理公司领导恶意扣工时问题时，存在特殊情况或例外情形，会影响处理结果：
1. 公司能证明扣工时合法：若公司有明确、合法有效的规章制度（经民主程序制定并公示），且能提供员工违纪的证据（如旷工达到扣工时标准），领导据此扣工时可能不违法，员工主张“恶意扣工”的诉求可能不被支持，处理结果倾向认定扣工有合法依据。
2. 扣工时基于员工造成损失：若员工因自身过错给公司造成经济损失，公司按劳动合同约定或合法制度从工资中扣减赔偿费用（注意：每月扣除部分不超当月工资20%，剩余工资不低于当地最低工资标准），这种扣工时行为具有合法性。处理时会审查损失事实、合同约定及扣除比例合法性，影响最终结果。
3. 双方有特殊约定：若员工与公司在劳动合同或书面形式中，就特定情况工时扣减达成明确合法约定，领导按约定执行，扣工时行为可能合法。处理时优先依据约定判断，约定有效则员工维权可能受阻碍。

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