公司分两次发放工资的个税计算问题，可依据《中华人民共和国个人所得税法》明确法律适用。根据《中华人民共和国个人所得税法》（2018年修正）第二条规定：“居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。”其中“工资、薪金所得”属于综合所得。员工因任职受雇取得的两次工资，无论发放次数，均需合并为当月工资薪金所得，由企业按累计预扣法代扣代缴个税。例如，员工月工资10000元分两次发放（5000元+5000元），企业应合并按10000元减除费用、专项扣除等计算税额，而非分别按5000元计税。因此，合并计算个税是法定要求，拆分发放不影响纳税义务的合并履行。
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公司分两次发工资可能存在法律风险，员工需注意以下几点：
1、企业拆分工资逃缴社保的风险。例如，某公司与员工约定月工资15000元，分两次发放（5000元公司账户标“工资”，10000元老板个人账户转账且未计入工资总额），导致社保基数仅按5000元计算，员工养老账户累计额减少，退休后养老金降低，医疗、失业等权益也会缩水。
2、个税申报不实的风险。若企业将部分工资以“劳务费”名义拆分，且未按“工资薪金所得”合并申报，员工年度汇算未自行补报，税务部门核查后可能认定为偷税，面临补税、滞纳金、罚款，情节严重还可能影响个人征信。
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公司分两次发工资较常见，核心处理需结合法律与实际判断。工资拆分可能为税务规划或现金流管理，但必须合法合规并合并计算个税。
若两次发放总额与劳动合同一致，均通过公司账户发放且依法申报个税，一般不违法。存在以下情形时，处理方式不同：
1. 两次均为“工资薪金所得”：需合并收入计算个税，企业按月代扣代缴，员工年度汇算时汇总申报。
2. 一次以“报销”“补贴”名义发放且未计入工资总额：可能被认定为逃避个税或社保缴纳义务，员工有权要求补正并追责。
3. 两次发放间隔超一个工资支付周期：违反《工资支付暂行规定》“工资至少每月支付一次”，员工可向劳动行政部门投诉。
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公司分两次发工资时，员工常因不熟悉规定出现以下错误：
1、忽视两次收入合并申报：部分员工误以为两次工资分别计税，未在年度汇算时确认综合所得总额，可能导致少缴或多缴税款，影响个人信用。
2、未及时核实社保缴费基数：若企业仅以其中一次金额为社保基数，员工未定期查询社保记录，长期可能导致养老、医疗等权益受损，退休后养老金待遇降低。
3、轻易接受“报销”形式的工资拆分：当企业以“差旅费报销”“福利补贴”等名义发放部分工资时，员工未意识到此类收入若未计入工资总额，可能被税务部门认定为偷税漏税，最终需个人补缴税款及滞纳金。
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