当公司作为被申请人被员工申请劳动仲裁时，首要原则是积极应对而非消极回避。
被员工申请劳动仲裁时，应积极准备答辩和证据，依法参与仲裁程序。
1. 若员工申请仲裁的理由是工资或加班费争议：需核对工资支付记录、考勤记录是否完整，确认是否存在未足额支付或未支付的情况，准备劳动合同中关于薪资结构、加班审批流程的约定作为证据。
2. 若员工申请仲裁的理由是解除劳动合同争议：需准备解除劳动合同的通知书、员工违纪或不符合录用条件的证据（如绩效考核记录、违纪处分文件）、离职交接手续等，证明解除程序合法合规。
3. 若员工申请仲裁的理由是未签订劳动合同：需核实是否存在实际用工但未签合同的情况，若已签订需提供劳动合同原件，若因员工原因未签需准备员工拒绝签订的书面证明或沟通记录。
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针对公司被员工申请劳动仲裁的情况，《劳动争议调解仲裁法》为应对流程提供了明确的法律依据。
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条规定：“发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。”
公司作为被申请人，在员工启动仲裁程序后，需严格按照该法条规定的程序参与：首先可尝试与员工协商或调解，若无法解决则需积极应对仲裁。该法条明确了劳动争议的解决路径，公司需通过合法程序维护自身权益，若直接忽视仲裁程序，仲裁委可能缺席裁决，导致公司承担不利后果；只有积极参与，才能利用证据和法律规定抗辩员工的不合理请求。
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公司被员工申请劳动仲裁后，若应对不当可能面临多种法律风险，以下是需要重点关注的风险点。
1. 证据链断裂导致败诉的风险：例如员工主张公司未支付2023年1-3月加班费，公司仅提供工资条（无加班费明细），未提交考勤记录或加班审批单，无法证明已支付加班费或员工未加班，仲裁委可能支持员工的请求，公司需支付加班费及25%的经济补偿金。
2. 因违法行为需支付双倍赔偿的风险：例如员工主张未签订劳动合同，公司无法提供劳动合同原件，也无证据证明员工拒绝签订，根据《劳动合同法》第八十二条，公司需支付员工入职第二个月起至第十二个月的双倍工资差额，若员工工作满1年，可能需支付11个月的工资赔偿。
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公司应对员工劳动仲裁时，存在一些特殊情况会影响处理结果，以下是常见的例外情形。
1. 员工申请仲裁的请求已过诉讼时效：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动仲裁时效为一年，若员工主张的工资拖欠发生在2年前，且公司能证明不存在时效中断、中止的情形（如员工未向公司主张过权利），公司可提出时效抗辩，仲裁委可能驳回员工的请求，无需承担支付责任。
2. 双方已达成和解协议且履行完毕：若员工曾就争议事项与公司签订和解协议（如公司支付员工经济补偿后，员工承诺不再追究），且公司已按协议履行，员工再申请仲裁的，公司可提交和解协议作为证据，仲裁委可能认定员工的请求无依据，驳回其仲裁申请。
3. 员工的仲裁请求不属于劳动仲裁受案范围：例如员工主张公司侵犯其名誉权（因工作中的口角），该争议属于民事侵权，不属于劳动仲裁处理范围，公司可向仲裁委提出异议，仲裁委可能不予受理或驳回申请。

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